Cette surexploitation constitue un risque pour les ressources en eau souterraine du département, qui fournissent près de 99 % de l'eau potable.
Ce risque a justifié l'élaboration conjointe, par le Conseil Général de la Gironde, la Communauté Urbaine de Bordeaux et l'Agence de l'Eau Adour-Garonne, d'un schéma directeur de gestion des ressources en eau du département qui a abouti en 1996.
A l'issue de ce travail et devant l'ampleur du problème, il a été décidé en 1998 d'élaborer un schéma d'aménagement et de gestion des eaux (SAGE) pour ces nappes profondes et de créer un établissement public de coopération entre le Conseil Général de la Gironde et la Communauté Urbaine de Bordeaux : le Syndicat mixte d'études pour la gestion de la ressource en eau du département de la Gironde (SMEGREG). Régit par le code général des collectivités territoriales, le SMEGREG est administré par un comité syndical de douze membres.
Ses missions consistent à proposer et à étudier la faisabilité technique, économique, juridique et financière de solutions de substitution aux prélèvements dans les nappes d'eau souterraine profondes du département.
Le SMEGREG a bien entendu mis sa capacité d'expertise à disposition de la Commission Locale de l'Eau (CLE) en charge de l'élaboration du SAGE Nappes profondes. Approuvé par arrêté préfectoral le 25 novembre 2003, le SAGE a officiellement confié au SMEGREG une mission de secrétariat technique auprès de la CLE pour l'animation et le suivi de la mise en œuvre des mesures de ce schéma.
Pour l'exécution de ses missions, essentiellement techniques, le SMEGREG s'appuie sur une capacité d'expertise interne et des prestataires spécialisés extérieurs, tout en maintenant une coopération étroite avec les autres collectivités territoriales, les services de l'Etat, le monde de la recherche, le milieu associatif et les usagers. Les recettes budgétaires du SMEGREG sont constituées pour l'essentiel des participations statutaires du Conseil Général de la Gironde et de la Communauté Urbaine de Bordeaux et de subventions de l'Agence de l'Eau Adour Garonne.